Έχει την ευθύνη για τον προγραμματισμό προμηθειών, την φύλαξη, την ταξινόμηση, την Παρασκευή ιδιοσκευασμάτων, τον έλεγχο, την χορήγηση, την διανομή, την διακίνηση και την διαχείριση του Φαρμακευτικού και λοιπού υλικού αρμοδιότητας ΕΟΦ. Ακόμη έχει την ευθύνη του επιστημονικού ελέγχου και της εκτέλεσης των συνταγών τόσο των νοσηλευόμενων όσο και εξωτερικών ασθενών ειδικών κατηγοριών φαρμάκων.

Επίσης στα πλαίσια του νοσοκομειακού φαρμακείου λειτουργεί μονάδα διαλυσης κυτταροστατικων φαρμακων.